PRISAI SAKTI MATARAM mempunyai bendera perguruan yang dipasang pada acara-acara tertentu. Bendera ini berbentuk segi empat panjang yang berukuran 3:4. Bendera ini mempunyai warna dasar yaitu MERAH dan PUTIH yang dibagi menjadi 4 bagian sama besar dengan ketentuan :

1. Sudut Kanan atas warna Putih.

2. Sudut Kiri atas warna Merah.

3. Sudut Kanan bawah warna Merah.

4. Sudut Kiri bawah warna Putih.

Secara keseluruhan bendera PSM digambarkan sebagai berikut:

1. Ditengah-tengah Bendera dilukisan lambang utama Prisai Sakti Mataram TRI SULA.

2. Di atas lukisan lambang utama bertuliskan PRISAI SAKTI MATARAM
3. Dibawah lukisan Lambang Utama bertuliskan TRI TATA MANJING PRIBADI dan Angka 1953

4. Arti Nama PRISAI SAKTI MATARAM, Lambang Utama dan Tata Warna telah dijelaskan sebelumnya.